Entre la Grande-Terre et la Basse-Terre au nord de la Rivière Salée, s'ouvre la baie du Grand Cul-de-Sac Marin.

Elle est délimitée dans sa partie marine par le plus long récif corallien (25 km de long) et dans sa partie terrestre par la plus large ceinture de mangrove, des Petites Antilles. La Réserve Naturelle est située à l'intérieur du lagon.
Avec la Réserve Naturelle de Fajou gérée par le Parc National de Guadeloupe, cet espace forme le cœur de la Réserve de Biosphère de l'archipel de la Guadeloupe désignée par l'UNESCO en 1992.
De plus, la Réserve a été classée en 1993 par la convention de Ramsar en zone humide d'importance internationale pour les Oiseaux d'eau, et depuis 1994 fait partie de la Réserve de Biosphère de l'Archipel de la Guadeloupe.

La grande barrière de corail du Grand Cul de Sac Marin s'interrompt au nord de  la réserve naturelle de l'Ilet Fajou par une entaille large de 200 m.
C'est la Passe à Colas : l'entrée du chenal qui conduit à Pointe à Pître par la Rivière Salée.
Le plateau finit par une pente très raide qui conduit au fond sablonneux de la Passe.
La proximité de la réserve en fait un lieu très poissonneux, de plus le courant sortant draine des particules nutritives en provenance de la mangrove qui servent de repas aux poissons.
Une plongée tous niveaux entre 4 m et 30 mètres.
Dans le Grand Cul de Sac Marin, sont recensées près de 90 espèces d'algues, 52 espèces de coraux, 73 espèces d'éponges, une centaine d'espèces de gorgones, 300 espèces de poissons, 5 sortes de tortues, 570 espèces de mollusques... tant de merveilles à découvrir !

Port Louis Nord
Le plateau calcaire passe rapidement de moins 8 mètres à moins 20 mètres, et l'on se retrouve sur un fond sablonneux.
La mer y a lentement sculpté la falaise, créant un subtil mélange de couloirs, de cirques, d'arches et de surplombs dessinant ainsi un joli décor rempli de poissons colorés.
De belles plongées à reliefs pour débutants et confirmés de 8 à 25 mètres

Port Louis sud
A la sortie du Port le tombant passe très rapidement de 25 à 45 mètres. C'est le domaine du corail fil de fer, du corail noir buissonnant qui se développent sur cette pente fortement inclinée.
Plus au sud, entre le tombant et la mangrove, nous retrouvons une zone peu profonde où pousse les herbiers. Herbes à tortues et herbes à Lamentin abritent une faune riche et variée. On y découvre des hippocampes et des poissons étranges comme le poisson antennaire.
Plongées entre 4 et 50 mètres pour débutants et confirmés. Les biologistes y trouveront leur bonheur même dans 4 mètres d'eau !